Período de incubação é o tempo decorrido entre a exposição de um animal a um organismo patogénico e a manifestação da doença. Neste período o hospedeiro não apresenta sintomas, pois todo o processo está acontecendo no âmbito celular. Difere da latência porque nesta se contabiliza o tempo entre contato com o agente patogênico e a efetiva infecção, ou seja, o tempo entre contato e colonização ou entre contato e replicação (para vírus) ou entre contato e reprodução intra-hospedeiro para protozoários etc.

O organismo infectado entra em contato com o agente agressor através dos glóbulos de defesa que tentarão reconhecê-lo e preparar o combate à doença, ou eliminar o intruso através dos anticorpos que porventura tenha armazenado em seus linfócitos por uma infecção anterior do mesmo agente ou pelo uso da vacina específica. No caso de uma doença esse período pode variar para cada pessoa, daí o motivo de existir um intervalo de alguns dias conhecidos para cada doença. Para muitas doenças este período não é conhecido.